一、達爾文主義自身的缺陷
(一)比較解剖學
進化論者通過動物的器官在形態和功能方面的類比，定了所謂的同源器官，並由此說明在進化樹中某一譜系的動物該器官在進化中發生的形態與功能的變化是自然選擇的結果。首先，同源器官的定義就非常牽強，你必須首先承認動物是進化的，才能找到同源器官。因此這絕不能算做進化論中的一個證據，而只能是一個推論。即我們只能說因為進化論正確，所以進化樹中某一譜系中的動物存在同源器官，而不能說同源器官的存在證明進化的存在。
現代基因學和遺傳學誕生後，對生物體形態與功能的關係在更本質的層次－－基因及分子水平有了嶄新的認識。形態和功能只是表相，它們是由基因決定的，相同的形態可能對映于完全不同的基因。如果認為從鳥類的翅到哺乳動物的前肢是進化的話，那麼它們的基因也應表現為對映於形態相同程度的進化。但實際上並非如此，如果現在仍有人試圖從表面現象說明問題，只能被認為是膚淺的。
(二)古生物學
1、凌亂的化石證據
無論是進化論者還是反進化論者，都希望古生物化石能輔證自己的觀點。如果說達爾文時代缺少化石記錄的話，那麼到今天為止，人類已收集了數以萬噸的化石，是否已證明進化論的正確了呢？事實上依然不能。芝加哥自然史博物館的古生物學家 Raup本是進化論者，但後來不得不放棄自然選擇學說，而支援幸運者生存說。他說該館擁有現有已知化石物種的近五分之一，可是已經確證的中間過渡類型的化石比達爾文時代還少。現有化石記錄混亂不堪，人為按進化論組成的譜系漏洞百出，根本不能說明問題。進化論者們所使用的分類方法及標準又不同，因此對某一化石的斷代也經常爭論不休，得不到一個統一的結論。
進化論者常用的一個較為完備的進化譜系證據是脊椎動物序列 (Vertebrate Sequence)，包括從魚類到兩棲類、爬蟲類、鳥類、哺乳動物、直至人的進化。從魚類到兩棲類，曾發現一種叫 Rhipidistian 的魚化石，其骨骼特徵類似於兩棲類，因此被認為是魚類到兩棲類的過渡類型。但當另一種叫 Coelacanth 的活化石發現後，這種觀點立即被推翻，因為這兩種動物在進化譜系中的親緣關係是極近的，但研究表明，Coelacanth 並無任何上岸的可能性。
曾經轟動一時的始祖鳥 (Archaeopteryx) 曾被視為進化論的鐵證，因為它即具有爬行動物的特徵，又具有鳥類的特徵，而被視為一個著名的過渡類型。後來發現，始祖鳥所具有的爬行類特徵，如爪和牙齒，在現代鳥類中也存在，如南美洲的 Opisthocomnshoatzin 和非洲的 Touracocorythaix。也就是說這個證據並不能用於判定鳥類與爬行類的過渡類型。
另外，Jensen 早在1977年《SCIENCE》上發表的論文指出，與始祖鳥同一地層出土的化石被懷疑為近似于現代鳥類動物的股骨，因此，始祖鳥即非「始祖」，也非種間類型。1991年在中國遼寧發現的年代與始祖鳥相同或更早的鳥類化石更加深了始祖鳥的地位危機。
在從猿到人的進化過程中，拉瑪古猿 (Ramapithecus) 具有重要意義。它的下頜骨兼具人類與猩猩的特徵，牙床結構類似於人，不具有猩猩的門齒與犬齒，但上下頜的距離與頜骨的長度又近似於猩猩，這被視為是進化論的一個鐵證。然而後來在非洲發現的一種狒狒 (Theroithecusglade) 與拉瑪古猿具有相同的牙齒及面骨特徵，但卻被視作一種狒狒。由此可見，這個判據也是模棱兩可的。
2、寒武紀生物大爆炸 (Cambrain Explosion)
達爾文對自己理論的最終歸宿評價道：「如果可以證明任何複雜的器官不能通過無數的、持續的、微小的改變形成的話，我的理論將絕對失敗。」
寒武紀生物大爆炸（呂註：指生物在此時大量出現。）恰恰提供了一個極好的例證。大約在五億三千萬年前，在短短的幾萬年內，幾乎現在所有生物的門同時出現在地球上。從海洋裏巨大的管狀蠕蟲、甲殼類到較為高級的脊索動物並存。如果進化確如達爾文所言，由點滴的漸進的方式進行，那麼數百萬年的時間無論如何也不足以完成這一歷程。雖然寒武紀之前的多細胞生物化石也有發現，但按進化論的觀點，它們與寒武紀生物並無承傳關係。
現代達爾文主義者 Stephen J. Gould 亦無法解釋，稱之為「迷中之迷(Enigma of Enigmas)」，事實上寒武紀生物大爆炸是進化論不可逾越的障礙。
3、人類的起源
在《物種起源》發表之際，達爾文曾說：「只有人類的進化，怎麼都不可能用我的進化論來說明。」的確，從進化論的觀點來看，人類的進化太快了。以人為例，進化論者認為，人類誕生的歷程為：南方古猿 (Australopithecus，200萬年前)----原人(代表為 Beticonturops，50萬年前)－－舊人(代表為 Neanderthalian，10 萬年前)----新人( 5萬年前)----現代人類 (5千年前)。
在這一過程中，人腦容量以爆炸般的速度增大。而現代人類産生後，進化又仿佛突然消失了，五千年來人的腦容量基本未變。再看腦細胞數量，現代類人猿為10億個，而現代人類約為140億個。單從數位上看是增大了14倍，但智力水平卻發生著跳躍性的變化，這些證據強烈地暗示：這個進化樹是不正確的。這些物種也許根本沒有任何親緣關係，而進化論者只是按時間順序把它們拼湊在一起而已。
另外，六十年代以來，肯亞 Olduval 峽谷和Rudocf湖附近地區的考古發現，也給進化論提出了許多反例。1972 年出土了一具類人動物的頭骨化石，編號為 KNM-ER-1470，簡稱 1470 號人。按其分類特徵，它類似於現代人，屬於人屬 (Homo Genus)，比南方古猿和直立猿人 (Homo Erectus) 要進步得多，但它卻處於290萬年前。1470號人比進化論者所公認的人類始祖南方古猿早90萬年，比直立猿人早200萬年。這從根本上動搖了進化論的證據，成為古人類學中的一件懸案，至今沒有一個進化論者能夠歸屬1470號人在進化樹中的位置。
(三)胚胎學
與比較解剖學類似，胚胎學從生物發育過程中形態的變化，推論出高等動物的胚胎在發育中重現其進化歷程。如人類胎兒在發育之初與豬和鼠的胎兒都具有鰓裂和尾，形態也很相似，其實，這只是表面現象。首先，人類胎兒的「鰓裂」事實上不是鰓裂，而是快速發育的皮膚的褶皺；其次，人類胎兒的尾狀結構也絕不是尾，而是神經管。在蛙胎發育過程中的尾狀結構亦是神經管。
再次，形態這一表像是由基因決定的。較為普遍接受的HOX基因調控理論認為，動物形態雖然豐富多彩，但在分子水平上的調控都是一致的，因此，動物胚胎發育之初形態相似，是由於HOX基因調控水平相同而已。這是近年來發育生物學最為重大的發現之一。也就是說，從形態相似仍不能得出本質亦相似的結論。
轉自
http://www.thinkerstar.com/cosmos/dw-c1.html
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